На МЦД действуют три тарифные зоны: 

• «Центральная» – для поездок внутри Москвы (в границах станций Марк – Сетунь (МЦД-1), Волоколамская – Остафьево (МЦД-2), Ховрино – Ухтомская (МЦД-3), Внуково – Реутов (МЦД-4). В эту зону также входят Казанский, Ленинградский и Киевский вокзалы; 
• «Пригород» – для поездок за пределами станций Марк и Сетунь (МДЦ-1), Волоколамская и Остафьево (МЦД-2), Ховрино и Ухтомская (МЦД-3), Внуково и Реутов (МЦД-4) и до конечных станций Одинцово — Лобня (МДЦ-1), Нахабино — Подольск (МЦД-2), Зеленоград — Крюково — Ипподром (МЦД-3), Апрелевка — Железнодорожная (МЦД-4).;
• «Дальняя» – для поездок за пределами МЦД. Оплатить проезд картой «Тройка» или «Стрелка» в этой зоне можно до станций Кубинка, Дмитров, Чехов, Новоиерусалимская, Клин, 88-й километр, Крутое и Нара.

Стоимость проезда в каждой зоне можно узнать здесь. 

На МЦД нужно прикладывать карту к турникету или валидатору на входе и выходе со станции, иначе ее заблокируют для проезда на железной дороге. Для разблокировки необходимо обратиться в ж/д кассы: за это придется заплатить 223 руб. (стоимость билета шести железнодорожных зон для закрытия незавершенной поездки согласно правилам перевозок).